由近几年司法裁判文书分析发现，对于虚开增值税普通发票案件的裁判有轻化量刑的倾向，甚至有相当的案件经检察机关审查，做出不予起诉的决定。据调查，在税务机关的执法管理中，也同样存在重增值税专用发票的管理，而忽视增值税普通发票的监控的问题。

存在上述问题的根本原因在于，对于虚开增值税普通发票的重视程度不够。也许，与目前社会上虚开普通发票日渐增多的现象存在些许因果关系。

其实，在现行增值税管理制度中，普通发票与专用发票的作用基本是相同的，既是抵扣进项增值税的法定凭证（相对于增值税专用发票，抵扣范围有限），也是企业（项目）成本支出的有效证明。因此，增值税普通发票并不“普通”，在管理上应当与增值税专用发票一视同仁。

在人们的惯性思维中，认为象牙塔中没有税收问题，更不可能发生涉税案件。然而，事实并非如此。李某曾经担任中国农业大学教授、中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任、中国农业大学生物学院某重点课题组负责人。本来，无论是学术成就，还是政治前途都是学校同龄人中的姣姣者。但是，李某经不起金钱的诱惑，在2008年7月至2012年2月期间，利用负责管理多项国家科技重大专项课题经费的便利，与他人合伙采用“让他人虚开”的方式，虚列材料及劳务等支出，套取科研经费3756万余元，领刑12年。

上述案例表明，虚开增值税普通发票行为不但影响税收制度的执行，还将对国家财经制度产生负面的影响。具体来讲，由如下四个方面的危害：

第一，危害增值税机制。在现行增值税政策中，一些行业或环节，允许以增值税普通发票抵扣进项税金的，如农林产品收购发票、废品收购发票等。由于上游产品享受国家免税或者低税率政策，所以，虚开增值税普通发票，可以逃缴增值税以及相应的城建税、教育费附加等。

第二，侵蚀所得税税基。虚开普通发票在抵扣增值税进项税金的同时，虚增企业的成本。当然，大量企业的虚开仅有虚增企业经营成本的作用。只要虚列成本既成事实，必将侵蚀企业所得税税金，逃缴企业所得税。

第三，损害国家财会制度。如上例，虽然不存在少缴税款的问题，但是，采用虚列支出的方法，套取巨额国家科研资金。其实，这并不是个案，也并非大案、要案。在各级政府审计纪检监察报告中披露的案例和问题触目惊心，造成财政资金流失十分严重。

第四，增大了反腐难度。从发票的真伪角度区分，虚开发票包括真票虚开和假票虚开；从交易真实性角度区分，虚开发票包括“凭空”虚开和“变名”虚开。虚开普通发票，是目前腐败问题“回潮”，“八项禁”令屡禁不止的隐蔽方式之一。由于普通发票使用的广泛性、频繁性、低防伪性，税务机关防不胜防，更何况审计、纪检、监察机关在识别和查处中难度更大，成本更高。